Vào tháng 10 năm 2012, Ubisoft đã tung ra một bản mở rộng mang tên Deep Ocean, bổ sung một màn văn minh mới cho phe Tech và các tài nguyên và sản phẩm mới để đáp ứng nhu cầu mới của phe đó. Bản mở rộng cũng cung cấp một nguồn năng lượng mới, nhà máy điện địa nhiệt, có thể gây ra một thảm họa tự nhiên mới mẻ: sóng thần. Năm nhiệm vụ chiến dịch mới giới thiệu những tính năng này. Nó cũng bổ sung nhiều yếu tố mới cho trò chơi, thay đổi hoàn toàn lối chơi, đáng chú ý nhất là khi chơi với phe Tech. Những người chơi không có bản mở rộng Deep Ocean không thể kết nối phần chơi mạng với những người chơi khác có bản mở rộng trừ khi bản mở rộng bị vô hiệu hóa.